在大多数企业中，处理ERP系统中的退货单通常由 供应链部门负责。供应链部门主要负责管理企业与供应商之间的关系，包括采购、库存管理、供应商管理等任务。当发生退货时，采购部门负责创建退货单，退货单包括客户信息、退货详细信息（如退货数量、批次号等）、原销售订单信息等。这些信息将在ERP系统中生成相关记录。
此外，如果退货涉及物流环节，采购部门则负责与仓库部门协调退货物流安排。在某些情况下，如来料不良退货，可由仓库收料部门负责。
综上所述，退货单的填写部门主要取决于退货的原因和流程，但通常情况下，供应链部门或采购部门会负责创建和协调退货单的处理。