在法院强制执行过程中，应当扣除的费用主要包括以下几类：
执行申请费
申请执行无需预先缴纳申请执行费，但人民法院在执行到位的首批执行款中会扣除依法应收取的执行费。
执行申请费的收费标准根据执行金额或价额的不同而有所差异，具体为：
不超过1万元的部分，每件交纳50元。
超过1万元至50万元的部分，按执行金额或价额的千分之五交纳。
超过50万元的部分，按执行金额或价额的千分之一再加2000元交纳。
执行过程中产生的实际支出费用
包括交通费、住宿费等。
这些费用是执行过程中实际支出的，应由当事人负担。
评估费和拍卖费
如果在执行过程中涉及到对被执行人财产的评估和拍卖环节，还会产生相应的评估费和拍卖费。
其他诉讼费用
包括勘验费、鉴定费、公告费、翻译费等。
这些费用是在诉讼过程中实际支出的，且应由当事人负担，例如证人、鉴定人、翻译人员出庭的交通费、住宿费、生活费和误工补助费等。
税费
如果执行涉及到个人所得，可能需要代扣代缴个人所得税。
企业因逾期付款利息产生的支出，如果与取得收入直接相关，可以在企业所得税税前扣除。
执行和解协议中已履行部分的费用
如果执行过程中当事人达成和解协议，已经履行的部分应当依法扣除。
总结：
法院强制执行过程中应当扣除的费用包括执行申请费、实际支出费用（如交通费、住宿费等）、评估费和拍卖费、其他诉讼费用、税费以及执行和解协议中已履行部分的费用。这些费用的扣除旨在确保执行程序的顺利进行和执行目的的实现，同时体现法律对效率和公平的双重追求。