纳税的扣除方式主要 存在以下几种：
查账缴纳
纳税人根据提供的账表所反映的经营情况，依照适用的税率计算缴纳税款。具体程序是：
纳税人在规定的纳税期限内，用纳税申报表的形式向国税局或地税局办理纳税申报。
经国税局或地税局审查核实后，填写缴款书缴纳税款。
这种方式适用于账簿、凭证、财务会计制度比较健全，能够如实核算，反映生产经营成果，正确计算应纳税款的纳税人。
查定缴纳
根据纳税人的生产设备、生产能力、从业人员的数量和正常条件下的生产销售情况，对其生产的应税产品或销售量实行查定产量、销售量或销售额，依率计征。这种方式适用于生产不固定，账册不健全的纳税人。
查验缴纳
纳税人按照税务机关制定的报验商品范围，在购进商品后，持进货凭证和扣税证连同商品一起到税务机关报验，向税务机关申报登记，由税务机关在商品的适当部分印（粘）标记，据以计算缴纳税款。这种方式适用于经营小百货和单项品种的纳税人。
定期定额
税务机关对营业额难以准确计算的纳税人，采用由纳税人自报，经税务机关调查核实一定期限内的营业额、利润额，税务机关按照核定的营业额、利润额一并付缴款项。这种方式适用于某些个体工商业户。
代扣代缴
由负有扣缴税款义务的单位和个人，按照税法的有关规定，负责代扣纳税人应纳的税款，同时由代扣义务人代缴国库。纳税人应对已被代扣缴的税款，妥善保存扣缴凭证，以便在所在地税务机关抵扣已被代扣的税款。
代征税款
某些单位代理税务机关按照税收法规办理税款计缴，代理人必须按照税收法规和代征税款证书的规定，履行代征、代缴税款义务，并办理代征、代缴税款手续，税务机关应按规定付给代征人手续费。
储蓄扣税
税务机关向个体双定户提供的、按月由签约银行在储蓄账户扣缴税款的一种电子申报纳税方式。纳税人每月在申报纳税期限内存足款项后，税务局通知储蓄扣税银行自动扣款，纳税人无需到税务局办理申报纳税。
个人所得税直接从工资扣除
个人所得税在员工工资发放时，由公司直接从工资中扣除。员工可以享受个人所得税专项附加扣除，通过减少计税金额来降低应缴税额。
综上所述，纳税的扣除方式有多种，具体采用哪种方式，需要根据纳税人的具体情况以及税务机关的规定来确定。